Hallo Silvia
Zu den Schäden am Holz und zum Schimmel würde ich auf jeden Fall fachlichen Rat einholen, und zwar von jemanden der sich wirklich mit Fachwerk auskennt, hier sind wahrscheinlich in der Vergangenheit Fehler gemacht worden (zb die Beigeputzten Balken)die du jetzt bei der Renovierung korrigieren kannst. Dazu findest du bestimmt hilfe auf dieser Seite.
Elektriker, Klemptner etc kannst du Quasi von der Stange nehmen aber Obacht das sie zum Abflussrohre verlegen keine Balken Rausschneiden.
Das mit dem Lehm in den Wänden würde ich so lassen wie es ist, und um so besser wenn alles schön verflochten ist, denn das gibt dem Gefüge zusätzlich halt. So etwas kann Jahrhunderte überdauern.
Grundsätzlich halte ich es für wichtig vor der Renovierung zu überdenken was wirklich Notwendig ist. Man sollte überlegen wie das Haus "Gedacht" war, und das berücksichtigen. Was nützt zum beispiel eine Ausgleichschüttung und Laminat auf alten wurmigen Holzdielen die auf durchgefaulten Balken ruhen, da ist es dann zb besser die alten Dielen zu entfernen, die Balken zu untersuchen und dann neu aufzudielen, das erhält dann die Wertvolle Substanz, ist billiger, und man ist auch sicher nicht ein Jahr später mit dem Laminat ein Stockwerk tiefer zu sitzen. (Blos nicht die Augen vor Baumängeln verschließen)
Wenn du dir jedes Bauteil genau anschaust und dreimal überlegst ob es wirklich erstezt werden muss nur weil es nicht Modern ist (zb Türen + Griffe) kannst du durch Eigenleistung viel Geld sparen (ZB Türen Renovieren) und erhälst nebenbei den Charakter des Hauses.
Baugenehmigung brauchst du wahrscheinlich keine wenn es sich nur um Instandsetzungsarbeiten handelt, es sei denn das Haus hat Jahre leer gestanden und ist nicht mehr als Wohnhaus ausgewiesen.
Setz doch mal ein paar Bilder hier rein, auch von den Schäden, das kann dir bestimmt helfen, ausserdem gucke ich gerne Bilder

Gruß
Hartmut